Номер на зеленом флаге рядом с предметом в Инвентаре показывает количество новых добавленных предметов.

 

 

Новые предметы уже включены в общее количество предметов.
Вам нужно просмотреть все предметы с зелеными флажками, после чего восклицательный знак с Инвентаря пропадет.