A anomalia é um fenômeno que impede você de explorar um local. As anomalias podem surgir aleatoriamente em qualquer local, mas a energia é consumida em maior quantidade ao explorar um local com anomalia.

Há quatro tipos de anomalia:
- Gárgula: aumenta sua recompensa pela vitória, mas o local exige mais energia para ser explorado. Esta anomalia permite que você veja apenas um objeto da lista por vez. Pode ser expulsa com o Esmaga-pedras ou invocada para um local aleatório com o Coração de Pedra.

- Reflexo: aumenta sua recompensa pela vitória, mas o local exige mais energia para ser explorado. A lista de objetos e o local são invertidos, produzindo uma imagem espelhada. Esta anomalia pode ser expulsa com o Espelho de Cabeça ou invocada para um local aleatório com o Espelho Quebrado.

- Entes Sombrios: aumentam sua recompensa pela vitória, mas o local exige mais energia para ser explorado. Os Entes Sombrios vagueiam pelo local, obscurecendo-o parcialmente. Esta anomalia pode ser expulsa com o Pote de Vaga-lumes ou invocada para um local aleatório com a Esfera da Escuridão.

- Inversor de Tempo: aumenta sua recompensa pela vitória, mas o local exige mais energia para ser explorado. O Inversor de Tempo faz com que o tempo de exploração passe mais rápido. Esta anomalia pode ser expulsa com o Metrônomo ou invocada para um local aleatório com o Violador Temporal.

Em algumas missão, os objetos só podem ser encontrados em locais com uma anomalia específica. Quando isso acontecer, você pode usar itens especiais para invocar as anomalias. Porém, quando você usa um invocador, a anomalia pode aparecer em qualquer local. Não há como controlar o invocador e fazer com que a anomalia apareça no local desejado. A anomalia não aparecerá no local caso o mesmo já tenha uma anomalia ou esteja sob o modo Anagrama (ícone "cba"), ou a classificação do local seja de Novato.

 

Existe também uma anomalia engraçada chamada Virada em Darkwood. Enquanto ela estiver ativa, um local ficará refletido verticalmente. Só é possível dissipá-la explorando o local por completo. O item Coisinha Engraçada invoca a anomalia Virada a um local aleatório. Só é possível obter este item participando de um evento por tempo limitado.