Une anomalie est un phénomène qui vous empêche d'explorer une scènes. Les anomalies peuvent apparaître aléatoirement dans n'importe quelle scène. Vous utilisez plus d'énergie que d'ordinaire quand vous explorez une scène avec anomalie.

Il existe quatre types d'anomalies.
- Gargouille : augmente votre récompense en cas de succès, mais demande plus d'énergie pour l'exploration. Cette anomalie ne vous permet que de voir un seul objet de la liste à la fois. Elle peut être chassée à l'aide d'un Concasseur de roches ou être invoquée dans une scène aléatoire à l'aide d'un Cœur de pierre.

- Réflexion : augmente votre récompense en cas de succès, mais demande plus d'énergie pour l'exploration. La liste d'objets et la scène sont inversées et produisent une image miroir. Cette anomalie peut être chassée à l'aide d'un Miroir frontal ou être invoquée dans une scène aléatoire à l'aide d'un Miroir brisé.

- Entités sombres : augmente votre récompense en cas de succès, mais demande plus d'énergie pour l'exploration. Des ombres planent sur la scène et l'obscurcissent en partie. Cette anomalie peut être chassée à l'aide d'un Bocal de lucioles ou être invoquée dans une scène aléatoire à l'aide d'un Globe des ténèbres.

- Changement d'horaire : augmente votre récompense en cas de succès, mais demande plus d'énergie pour l'exploration. Le temps s'écoule plus vite. Cette anomalie peut être chassée à l'aide d'un Métronome ou être invoquée dans une scène aléatoire à l'aide d'un Contrevenant de temps.

Dans certaines quêtes, des objets ne peuvent être trouvés que dans des scènes avec une anomalie spécifique. Le cas échéant, vous pouvez utiliser des objets spéciaux pour invoquer des anomalies. Les anomalies n'apparaissent pas dans une scène si cette dernière a une anomalie, qu'elle est en mode Anagramme (l'icône « cba ») ou que son rang est Novice.
 
Il existe également une anomalie amusante dans Darkwood, appelée Volte-face. Lorsqu’elle est active, la scène est retournée verticalement. Vous ne pourrez la chasser qu’après avoir réussi l’exploration de la scène. L’objet Truc amusant invoque l’anomalie Volte-face dans une scène aléatoire. Vous ne pouvez obtenir cet objet qu’en participant à un événement à durée limitée.